A concessão de indulgências à Companhia de Jesus acha-se ligada especialmente à prática dos Exercícios Espirituais, à novena da graça de S. Francisco Xavier, bem como à devoção ao Sagrado Coração de Jesus e às missões populares e ad gentes da Companhia.
Destacamos duas dessas práticas.
Exercícios Espirituais (EE) – A prática dos Exercícios Espirituais foi alvo de numerosos pronunciamentos de pelo menos 29 papas, através de discursos, de encíclicas e da concessão de indulgências a quem os fizer, desde a primeira recomendação do breve Pastoralis offlcii com que se publicou a primeira edição do livro de Ignacio, em 1548. Concede-se indulgência plenária ao fiel que faz os exercícios espirituais ao menos por três dias. Deve-se a Francisco de Borja, ainda Duque de Gandia, o interesse pela difusão dos exercícios inacianos. Alarmado pelos ataques de que eram objeto, conseguiu que o Papa Paulo III concedesse a 2 de janeiro de 1547 indulgência plenária a quantos, plenamente contritos, se confessassem a um padre da Companhia de Jesus. Dando um passo mais, pediu ao Papa que fizesse examinar o livro dos EE. Paulo III encarregou deste trabalho os cardeais Juan Álvarez de Toledo e o Mestre do Sacro Palácio, Egidio Foscarari, que deram a sua aprovação ao livro. Já no século XX, destaca-se entre todos os pronunciamentos papais a encíclica Mens nostra, do papa Pio XI de 20 de dezembro de 1929 toda dedicada aos EE.
Novena da Graça – Em dezembro de 1633, o Padre Marcello Mastrilli, jovem jesuíta, estando já sem esperança de vida, foi consolado várias vezes com a visita de São Francisco Xavier, que, numa aparição, a 3 de janeiro de 1634, lhe deu instantaneamente a saúde e lhe preanunciou a morte gloriosa, que pela fé haveria de vir a ter no Japão. A notícia deste milagre divulgou-se rapidamente não só na Itália, mas em toda a Europa, sobretudo em França, Espanha e Portugal e, a partir daí, em todo o mundo. Por um sentimento de confiança no poder e bondade do grande Apóstolo das Índias, começaram os fiéis a invocá-lo por meio de uma novena, cuja eficácia a tornou famosa como “Novena da Graça”. Segundo o Padre Marcello Mastrilli, foram estas as palavras do Santo: “Todas aquelas pessoas que implorarem a minha ajuda, diariamente e por nove dias seguidos, de 4 a 12 de março, e, num desses dias, receberem dignamente os sacramentos da Reconciliação e da Sagrada Comunhão, hão-de experimentar a minha proteção e podem esperar, com toda a confiança, que obterão de Deus qualquer graça que pedirem, para bem das suas almas ou para a glória de Deus”. Clemente XIII em 1759, Pio VI em 1783, Leão XIII em 1898 e Pio X em 1904 concederam especiais indulgências aos que fizessem a novena da graça. Este último declarou que a Novena da Graça se poderia fazer em qualquer parte, por todos os fiéis, duas vezes por ano; e que, ou fosse em público ou em privado, podiam obter-se indulgências, aplicáveis às almas do purgatório, orando pelas intenções do Santo Padre.